16S、18S、ITS等擴增子測序（二代） 一步到位檢測環境微生物多樣性

擴增子測序是對特定長度的PCR產物或捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。

16S/18S/ITS等擴增子測序即通過提取環境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目標區域，

通過檢測目標區域的序列變異和豐度，以研究環境微生物多樣性及群落組成差異。

16S/18S rDNA為編碼原/真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。

ITS分為兩個區域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。

應用方向

醫學領域：疾病與人體微生物間關系，如代謝類疾病、消化類疾病、自身免疫性疾病、腫瘤癌癥、神經類疾病及其他疾病等

環境領域：某一特定環境（霧霾、沙塵等污染環境，住宅、商場等生活環境）的微生物群落組成，有機肥發酵處理、污水治理、石油降解、水體及海洋等微生物群落分布和組成等

畜牧領域：腸道、瘤胃等微生物與動物繁殖、生長發育、營養健康、免疫和疾病治療等的互作關系

農業領域：根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等

生物能源：特殊功能的菌株、工程菌的開發

特殊極端環境：極端環境條件下的微生物類群研究

常見問題

1.16S測序哪個區域比較合適？

我們提供的幾個測序區域來自文獻調研，但是目前并沒有研究表明哪個測序區域更好。有文章研究表明土壤樣本，16S V4區（515F-806R）比較適合做擴增子研究，可檢測的物種多樣性更豐富， 并且可重復性強（PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.）。

2.若關注環境中的真核微生物多樣性，ITS測序和18S測序哪個更好?

ITS測序主要是針對真菌多樣性的研究，注釋準確度高；18S測序針對的是真核微生物，注釋到的范圍廣，但是就真菌來說精確度相對較低；可根據研究目的合理選擇測序方案。

3.擴增子與宏基因組的區別？

擴增子主要分為16S、18S、ITS測序，關注環境樣本中的物種組成，該技術物美價廉，實用性高。宏基因組關注環境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息，該技術深入挖掘環境樣本功能層面的信息。